Haden crebbe in una famiglia di musicisti professionisti nell'Iowa: cultori del country, genere cui per tutta la vita Charlie si sentì legato. Si trasferì a Los Angeles per studiare al Westlake College of Music. Le sue prime registrazioni furono con il pianista Paul Bley, che in quegli anni era in particolare sintonia con il rivoluzionario Ornette Coleman: ed è proprio con il quartetto di quest’ultimo che nel 1959 Haden registrò "The Shape of Jazz to Come", un album dall’impatto esplosivo, e poi ancora il tanto (ancor oggi) discusso “Free Jazz”, dove si trova un memorabile duetto con il collega Scott LaFaro. Haden fondò quindi, con Carla Bley, la celeberrima Liberation Music Orchestra, il cui album eponimo inciso per Impulse! divenne un manifesto del jazz più politicamente impegnato di fine anni ’60 (con riferimenti alla guerra civile spagnola ed un omaggio a Che Guevara). La sua lunga carriera è costellata di collaborazioni preziose e album spesso indimenticabili. Haden insegnò al California Institute of the Arts e ricevette un Grammy® alla carriera nel 2013. Si spense all'età di 76 anni a Los Angeles.
